Dengan keluarnya Penetapan Pemerintah Nomor 1 Tahun 1946 yang menetapkan tanggal 3 Januari 1946 sebagai dasar hukum berdirinya Departemen Agama, maka mulai padasaat itu secara resmi Departemen Agama lahir di Negara Republik Indonesia.
Lahirnya Departemen Agama ini, tidak terlepas dari dua aspek, yaitu aspe kpolitik dan aspek hukum. Dari aspek politik, kelahiran itu adalah berkat perjuangan dan semangat keagamaan dari perserikatan dan perkumpulan yang bernafaskan Islam pada masa penjajahan telah berhasil dan mewujudkan suatu cita-cita dimana urusan Agama ditangani oleh suatu Departemen tersendiri.
Dari segi hokum, kelahiran Departemen Agama telah memberi dukungan terhadap Pembukaan UUD 1945, Falsafah Negara Pancasila dan BatangTubuh UUD 1945, khususnya BAB XI pasal 29 ayat (1) dan (2) yang berarti “Indonesia bukanlah Negara sekuler dan bukan pula Negara yang berdasarkan agama tertentu”. Denganter bentuknya Departemen Agama tersebut, berdampak pula lahirnya Departemen Agama di beberapa Propinsi di Daerah Indonesia, termasuk Kabupaten Wajo.
Wajo sebagai salah satu kabupaten di Sulawesi Selatan, pada masa sebelum menjadi kabupaten adalah berstatus kewedanan yang mewilayahi tiga kewedanan, yaitu Kewedanan Bone, Soppeng, dan Wajo (biasa disebut BOSOWA atau TELLUMPOCCOE). Bone sebagai ibukota Kewedanan. Atas inisiatif Pemerintah Pusat (Menteri Agama; KH.Ahmad Ashary) untuk mendirikan Kantor Urusan Agama di Bone.
Padatahun 1951, resmilah terbentuk Kantor Urusan Agama di Kabupaten Bone dengan wilayaho personal meliputi 3 (tiga) kewedanan (Bone, Soppeng, Wajo).
Pada mula berdirinya, Deparetemen Agama hanya mengurusiu rusan-urusan agama Islam, dan khusus untuk kewedanan Wajo ditunjuk sebagai Kepala Kantor Perwakilan Urusan Agama. Untuk menangani kegiatan administrasi sehari-hari, padatahun 1951 telah dibangun sebuah gedung perkantoran yang berlokasi di Kota Sengkang dengan alamat Jl. Olahraga (sekarang Jl. Bali No. 40 Sengkang).
Padatahun 1960, Kewedanan Wajo berubah statusnya menjadi Daerah Tingkat II (Dati II) Kabupaten Wajo.Pada waktu itu, Departemen Agama Kabupaten Wajo berstatus Kantor Urusan Agama Perwakilan berubah menjadi dinas-dinas, yaitu :
- Dinas Urusan Agama Islam yang dipimpinoleh H.Muhammad Zubair.
- Dinas Penerangan Agama Islam
- Dinas Pendidikan Agama Islam yang dipimpin oleh Muh. Rauf Husain
- Pengadilan Agama Sengkang yang dipimpin oleh H. HamzahBadawi
Padatahun 1968, dinas-dinas itu disatukan dan terbentuk namanya menjadi Kantor Departemen Agama Kabupaten Wajo.
Sejak berubah nama sampai saat ini, Kantor Departemen Agama Kabupaten Wajo telah dipimpin oleh :
Sejak berubah nama sampai saatini, Kantor Departemen Agama Kabupten Wajotelah dipimpin oleh :
- Muhammad Zubair (alm) Tahun 1968 – 1977
- Abd. Karim Jafar (alm) Tahun 1977 – 1990
- H. Semaun Samad (alm) Tahun 1990 – 1992
- H. Muhammad Nadir Aris Tahun 1992 – 1997
- H. M. Faisal Usman, M .Ag Tahun 1997 – 2004
- H. Hamka Karim, M. Ag Tahun 2004 – 2007
- H. A. Syahrulyali R, M .Ag Tahun 2007 – 2008
- H. M. Amin Hasan, M. Ag Tahun 2008 – 2012
- H. M. Amin M, M. HI Tahun 2012 – 2016
- H.M. Arsyad Ambo Tuo, M.AgTahun 2016 – 2019
- H. Anwar, S.Ag, M.Pd Tahun 2019 – Sekarang
Perubahan Departemen Menjadi Kementerian Agama
Berdasarkan Peraturan Presiden no 47 tahun 2009 tentang pembentukan dan organisasi Kementerian Agama, Departemen Agama (Depag), resmi berganti nama Kementerian Agama. Secara otomatis semua penulisan, kop surat dan penyebutan diganti kementerian agama. Perubahan serta penyebutan Departemen Agama manjadi Kementerian Agama tersebut ditetapkan dengan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2010.Tentang perubahan penyebutan Departemen Agama menjadi Kementerian Agama berlakusejaktanggalditetapkanyaitupadatanggal 28 Januari 2010 olehMenteri Agama RI Suryadharma Ali di Jakarta. Dengan perubahan ini secara otomatis semua penggunaan atribut seperti logo, lencana, badge, kop surat, stempel, papan nama dan lain-lain, yang sebelumnya Departemen Agama harus di ganti Kementerian Agama. Perubahan Departemenmenjadi Kementerian juga dialami Departemen lain yang juga diubah menjadi Kementerian.